Anadolu Medeniyetleri Müzesi, Atpazarı olarak isimlendirilen semtte, Ankara Kalesi'nin dış duvarının güneydoğusundaki yeni işlev verilerek düzenlenmiş iki Osmanlı yapısında yer alır. Bu yapılardan biri Mahmut Paşa Bedesteni, diğeri Kurşunlu Han'dır. Bedestenin; Fatih dönemi baş vezirlerinden Mahmut Paşa tarafından 1464-1471 tarihleri arasında yaptırıldığı tahmin edilmektedir. Kitabesi yoktur. Kaynaklarda Ankara sof kumaşlarının buradan dağıtıldığı yazılıdır.

Yapının planı klasik tiptedir. Ortada 10 kubbe ile örtülü dikdörtgen planlı kapalı meka, karşılıklı yerleştirilen üstü beşik tonozlarla örtülü 102 dükkadan meydana gelen bir arasta ile çevrilmektedir. Kurşunlu Han, tahrir defterlerine, sicil kayıtlarına dayanan son araştırmalara göre Fatih dönemi baş vezirlerinden Mehmet Paşa'nın ıstanbul'un üsküdar Semti'ndeki imaretine vakıf olarak yaptırılmıştır. Kitabesi yoktur. 1946 yılındaki onarımda II. Murat'a ait sikkeler ele geçirilmiştir. Bu buluntular, hanın 15. asrın ilk yarısında var olduğunu kanıtlar niteliktedir. Han, Osmanlı Devri hanlarının tipik plan karakterinde olup ortada avlu ve revak sırası ile, bunları çeviren iki katlı odalardan oluşur. Zemin katta 28, birinci kata 30 oda yer alır. Odalar ocaklıdır. Odanın batı ve güney yönlerinde yer alan bodrum katta "L" tipinde bir ahır kısmı mevcuttur. Hanın kuzey cephesinde 11, doğu cephesinde 9 ve giriş eyvanı içerisinde karşılıklı yerleştirilen 4 dükka yer alır. Hanı yaptıran Mehmet Paşa, 1467 yılında bedesteni yaptıran Mahmut Paşa'nın azlinden sonra başvezir olmuş ve 1470 yılına kadar görevde kalmıştır. üsküdar'da cami, imaret ve medresesi olup kendisi orada gömülüdür. Bugün müzeyi oluşturan bu iki yapı, 1881 yılındaki son yangından sonra terkedilmiştir.

Müzenin Tarihi :
Ankara'da ilk müze, Kültür Müdürü Mübarek Galip Bey tarafından 1921 yılında kalenin Akkale olarak isimlendirilen kısmında kurulmuştur. Bu müzenin yanı sıra Augustus Mabedi ile Roma Hamamı'ndan da eser toplanmıştır. Atatürk'ün telkinleriyle merkezde bir "Eti Müzesi" kurma fikrinden hareket edilerek diğer bölgelerdeki Hitit eserleri de Ankara'ya gönderilmeye başlanınca geniş mekalara sahip bir müze binası

gerekli görülmüştür. O zamanki Kültür (Hars) Müdürü Hamiz Zübeyr Koşay tarafından devrin Maarif Vekili Saffet Arıkan'a metruk halde bulunan Mahmut Paşa Bedesteni ve Hanın onarılıp müze binası olarak kullanılması önerilmiş, bu fikir kabul edilerek 1938 yılından 1968'e kadar devam eden bir restorasyon çalışması başlatılmıştır. Bedestenin orta bölümünde yer alan kubbeli mekaın büyük bir kısmının onarımının 1940 yılında bitirilmesi ile eserler, Alman arkeolog H. G. Guterbock başkanlığındaki bir heyet tarafından yerleştirilmeye başlanmış, 1943 yılında binaların onarımı devam ederken, orta bölüm ziyarete açılmıştır. Bu bölümün onarım projesi Y. Mimar Macit Kural, ihale sonrası onarımı ise Y.Mimar Zühtü Bey tarafından yapılmıştır. 1948 yılında müze idaresi Akkale'yi depo olarak bırakıp, Kurşunlu Han'ın onarımı tamamlanan dört odasından yürütülmüştür. Kubbeli meka çevresindeki arastanın restorasyon ve teşhir projeleri Anıtlar Yüksek Mimarı ıhsan Kıygı tarafından hazırlanmış ve uygulanmıştır. Beş dükka orjinal halde bırakılıp, dükka aralarındaki bölmeler kaldırılmış ve böylece, teşhir için geniş bir çevre koridoru elde edilmiştir.

Neolitik (Cilalı Taş) çağ (8000 - 5500): ınsanlık tarihinde besin üretimi yanında ilk yerleşik toplumların kurulmasıyla başlayan bu dönem müzemizde çatalhöyük ve Hacılar gibi çağın iki önemli merkezinden ele geçen buluntularla temsil edilmektedir. Buluntular arasında ana tanrıça heykelleri, damga mühürler, pişmiş toprak kaplar, kemik tarım araçları yer alır.